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膜必须进行定期清洗，以保持一定的膜透过通量，并延长膜的寿命。清洗方法一般根据膜的性质和处理料液的性质来确定。通常和反渗透相类似，即先以水力清洗，而后根据情况采用不同的化学洗涤剂进行清洗，例如对电涂材料可以选用含离子的增溶剂，对水溶性有机涂料可以用“桥键”型溶剂。
食品工业中蛋白质沉淀可以用朊酶溶剂或磷酸盐、硅酸盐为基础的碱性去垢剂。膜表面由无机盐形成的沉淀可用EDTA之类的螯合剂或酸、碱加以溶解。对于不同的膜组件，可以选用不同的清洗方法，如管式组件可以用海绵球进行机械清洗，中空纤维式组件可以用反向冲洗等。对于食品工业用膜还需进行消毒处理。
超滤膜元件的寿命是根据生产厂提出的膜在正常使用条件下可以保证使用的最短时间，一般在规定的料液和压力下，在PH允许的范围内，温度不超过60℃时，超滤膜可使用12-18个月。当然超过规定的条件时，会使膜的寿命缩短。
超滤膜设备操作压力为0.1—0.6MPa、温度为60℃以下时，其透过通量应在100—500L/(m2.h)为宜，实际中比它要小得多，一般为1—100L/(m2.h)。当超滤透过浓差通量低于1L/(m2.h)时，过程缺乏经济效益，其原因是浓差极化在膜面上形成的边界层(或凝胶层)，使流体阻力增加，因此必须相应采取一些措施来解决。