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医院废水处理设备可以高效率完成固液分离的要求，在消毒杀菌的基础上得到符合国家规定标准的中水。这使得这部分中水，不论是回用还是排放都不存在后顾之忧。
医院废水处理设备的主要作用：
1、可以迅速有效的将医疗废水中存在的有用物质进行分离回收，分别进行有针对性的处理。
2、针对废水中细小悬浮物、藻类等微聚体进行分离，并进行杀菌灭毒处理。
3、医院废水处理设备的分离和浓缩水中污泥效果较其他设备要好很多。
医院废水处理工程实践过程中存在的问题：
1、对出水消毒效力不高;
随着医院废水处理设备工艺的逐步提高，一些废水处理方法存在的问题也逐渐浮出水面。例如传统的氯消毒方式就存在着毒反作用;虽然目前常用的臭氧以及二氧化氯的毒反作用相对较小，但是费用却较高。造成了一些医疗机构为了节省过高费用，对废水消毒处理力度不够。 在医院废水处理过程中，严格控制排放的水质中病原微生物的含量，是医院废水处理最终要的目的。
2、净化物处理效力广泛不高
医院废水的重要水质特性之一就是成份复杂，由于医疗废水中含有的病原微生物和化学药剂，具有污染环境、急性传染和埋伏性传染的特性;因此，以往的医院废水处理设备因技术问题，在处理过程中多受到制约，使医院污水中关于重要有机、无机净化物以及病原微生物的处理效力并不高。
3、对空气的净化负担重大
由于医院废水的水质特别，如果采用好氧生物处理体系则存在着不能封闭的问题;曝气供氧过程中会产生气泡分散形成少量气溶胶分子;一些病原微生物就附着在这些气溶胶分子的外表，向空气中分散流传，这就为传染性疫病的散播开辟了另一条通道。特别是关于呼吸道急性传染病会经过空气迅速蔓延，因此，这类会对空气造成潜在威胁的方法就不适合作为医院废水处理工艺使用。
医院废水除了含有传染病和结核病等病原体的污水以外，还有来自诊疗、化验、实验室等各种不同类别的污水;这些污水往往含有重金属、消毒剂、有机溶剂以及酸、碱等物质，甚至有些重金属和难生物降解的有机净化物会导致人体癌变、畸形或渐变，就连对环境的影响也很大。因此，先进专业的医院废水处理设备才是逐步纠正医疗废水处理不当问题的首选。