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医院废水处理过程中应用的生化处理技术是目前医药废水广泛采用的处理技术，包括好氧生物法、厌氧生物法、好氧-厌氧等组合方法。
好氧生物处理
由于医疗废水大多是浓度较高的有机废水，在进行好氧生物处理时需要对原液进行稀释处理，所以会消耗大量的动力;而且废水具有较差的可生化性，很难在生化处理后直接达到排放标准;因此目前单独使用好氧工艺处理医药废水的不多，多数选择先进行预处理。
常用的好氧生物处理方法包括活性污泥法、深井曝气法、吸附生物降解法(AB法)、接触氧化法、序批式间歇活性污泥法(SBR法)、循环式活性污泥法(CASS法)等。
厌氧生物处理
厌氧生物处理方法是目前国内外处理高浓度有机废水的主要手段，但废水只经过厌氧处理后排水中COD的含量仍然很高;因此，需要进行后处理(如好氧生物处理)。目前仍需加强高效厌氧反应器的开发设计及进行深入的运行条件研究。
在处理制药废水中应用较成功的有上流式厌氧污泥床(UASB)、厌氧复合床(UBF)、厌氧折流板反应器(ABR)、水解法等。
厌氧-好氧及其他组合处理工艺
就目前医疗废水处理技术而言，单独的好氧处理或厌氧处理并不能满足要求;而厌氧-好氧、水解酸化-好氧等组合工艺在改善废水的可生化性、耐冲击性、投资成本、处理效果等方面表现出了明显优于单一处理方法的性能，所以在工程实践中得到了广泛应用。
此外，随着膜技术的不断发展，膜生物反应器(MBR)在医药废水处理中的应用研究也逐渐取得了较好的成果。综合了膜分离技术和生物处理特点的MBR技术，具有容积负荷高、抗冲击能力强、占地面积小、剩余污泥量少等优点。
尽管目前医院废水处理技术还不是很完善，但是随着科技的不断发展，相信未