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水资源中本身就存在着大量的微生物，又由于各行业的发展，含有各种病毒、细菌的水质大量排放，导致水体成分复杂，不断新型病毒、污染物质的出现，很多病菌比较顽固，使处理杀菌成为了难题。
常用的矿泉水设备消毒方式有：
1、加氯消毒： 是应用较为广泛的一种消毒方式，配合次氯酸钠、漂白粉、液氯等消毒剂，主要是依赖水解产物次氯酸起作用。它的优质主要是技术成熟、廉价、具有持续消毒能力。但是随着技术的不断提高，人们发现加氯消毒会产生三致物，所以该技术逐渐退出了消毒领域。
2、二氧化氯消毒：消毒能力仅次于臭氧，而其形成三氯甲烷等等有害物质的能力又相对较弱，由此二氧化氯消毒被普遍认为性价比较高的消毒方式。目前发展趋势良好。
3、 紫外消毒：是目前最热门的一项工艺，也是最有效的一种杀毒方式，它具有消毒效率高、时间短，无二次污染等优点，新国标中的微生物指标对饮用水中经常出现的“两虫”，即隐孢子虫和贾第鞭毛虫有了明确规定，而这两种微生物有着很强的抗氯性，传统的加氯消毒对它们的杀灭效果不显著，但是紫外线消毒就可以很好的解决这一问题，所以随着饮用水新标准的出台，紫外线消毒技术必将成为最主要的消毒技术。
目前我国水厂在改建中采用了紫外线消毒技术，其紫外消毒设备在质量、功能、性价比、操作容易度上均有很高的成效。据调查，引用此项消毒技术后，纯净水消毒设备效果符合了国家出台的新标准。而且此项技术简单容易上手，灯管耐用，工作运行率高，给生产节约了成本。它是一项安全、合理、环保、经济、有效的消毒技术。紫外线消毒技术迅速发展，有广阔的发展空间。