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目前存在的主要问题是分离纯化大豆低聚糖的关键技术未能解决，实现工业化还存在不少问题。在大豆低聚糖的分离纯化过程中，蛋白质的分离是最为关键的因素，其分离效果直接影响到后序的工艺、产品的质量以及得率。而大豆低聚糖存在于大豆乳清中，因此大豆低聚糖的资源十分丰富。
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大豆低聚糖的性质、生理功能与应用
液压大豆低聚糖为淡黄色、透明粘稠状液体。固体大豆低聚糖是淡黄色粉末，极易溶于水，水分活性接近于蔗糖。大豆低聚糖能溶于低分子稀醇，但不溶于非极性溶剂。因此大豆低聚糖也是一种低甜度、低热量的理想天然甜味剂。
大豆低聚糖是以工业生产大豆分离蛋白时的副产物大豆乳清为原料制得。大豆异黄酮纯化处理的典型工艺流程如下：
大豆→脱脂大豆→大豆低聚糖粗提→大豆乳清→脱除蔗糖→蛋白质分离→过渡→脱色→脱盐 →浓缩→喷雾干燥→造粒→颗粒大豆低聚糖。
大豆低聚糖分离设备的粗提
大豆低聚糖的粗提一般采取水浸取、碱液提取、膜分离技术等方法得到。其中水浸取效率较低；碱液浸取有效成分含量高，但时间太长;膜分离技术设备投资大，工艺较复杂。采用碱液为提取剂，在微波条件下提取大豆中的低聚糖，既保持了碱液提取的优点，又有操作简单、效率高、时间短的特点，是一种较佳的低聚糖提取技术。
目前国内大豆低聚糖的生产和应用尚存在的问题有：产品得率低、生产成本高、产品纯度低、蔗糖含量高等，其功能性低于其他类型的低聚糖产品，因而限制了大豆低聚糖在一些特殊食品中的应用。但目前我国还不具备工业化生产高纯度大豆低聚糖的生产条件，有待进一步的深人研究。