PXIe总线是在CompactPCI Express数据总线上建立起来的，加上了重要的定时和控制通道。这两种总线性能的关键是用32个差动信号组提供连接和同步信号。这样高速的连接可使测试数据从快速数字转换器迅速传输到主机系统存储器中，使得详细的捕捉高频信号和大量的传感器输入成为可能。
PXIe规范的作者写到“一块板子也不剩”，这意味着首个PXIe系统——计划在2006年初推出——将允许PXI板插入卡底板上所谓的“混合插槽”。在混合插槽中，PXIe差动信号组的连接器放置在单端数据连接器之间，系统定时线在典型的PXI卡上。插槽兼容两种类型的卡。
在说明混合插槽如何工作时，规范指出其8插槽底板包括1个系统插槽、3个PXIe混合插槽和4个普通的PXI插槽。不同的卡之间通过PCIe-to-PCI桥通信，系统插槽有两个连接器，一个用于PXI卡，另一个用于PXIe板。