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显然，相对于多部门体制来说，大部门体制具有明显的优越性。大部门可以将在多部门下发生的部际矛盾变成部内协调，可以减少机构、人员、会议与相关的运转成本，大幅度减少不必要的信息，减少部门之间的文件冲突与政策冲突，在提高部门决策能力的同时增强部门的责任意识。从根本上说，大部门体制有利于规范政府与市场之间的关系，提高政府的办事效率。
-周民良
大部门体制具有明显的优越性
传统的集中计划体制以政府自上而下组织和配置资源为基本特征。随着经济规模的扩大与人员的增多，需要设置专门化的管理部门，按照人口、商品与要素的相同性与相近性来组织和管理经济与社会运行。在政府机构的设置上，每遇到新的发展矛盾时，总是寄希望于设立机构归口管理来解决问题。久而久之，按经济、社会甚至产业、产品属性进行垂直管理的政府部门不断增多，形成典型的多部门体制结构。目前，在我国，国务院组成部门多达28个，直属部委1个，直属机构18个，直属事业单位14个，部委管理的国家局11个。
而市场经济则建立在交换的基础之上，以各种要素的传递、吸收、转移、扩散为标志，市场经济越发达，要素流动越充分，横向的经济组织与经济联系越活跃。现代市场经济体制，通常是以政府组成的宽部门、垂直管理的短流程、经济组织的扁平化为特色，表现为市场投资主体的高度分工和政府调控主体的高度综合。在各个发达市场经济国家，中央政府的组成数量都限制在一定范围，带有大部门体制的基本特征。据有关资料，美国总统内阁有13个部门，德国政府有15个部门，英国有18个部门。数年前，日本政府经过改革，将政府管理部门由20多个减少到1府12个省厅。
比较而言，大部门体制相对于多部门体制更符合现代市场经济体制的需要。这是因为，林立的政府管理模式是影响现代市场经济体制运行效率的。部门多，会出现文件多、会议多、迎来送往多、资源浪费多等现象，行政管理成本高；部门多，还造成专业管理职能过于分散。在我国的政府内，有些部委除了办公厅、人事教育司、财务司、国际合作司以外，专业性司局较少，行政机构内部人浮于事问题突出；部门多，表明部门划分过细，职能交叉与重复现象严重，部门之间管理边界界定困难，争功诿过、互设壁垒等问题都会存在，部门之间协调困难。比如，国务院所属的部委中，建设部、国家林业局和国家环保总局都有自然保护区的设立与管理职能，造成自然保护区的多头审批和多头管理现象；部门过多，还造成审批环节多，而要出台一项综合性的政策，往往需要多部门联合审批。审批过多，也易于造成审批腐败；部门过多，还造成中央政府与各个部门、各个部门之间、部门与地方之间信息多而分散，信息筛选、甄别困难，信息被隐匿的可能性大，不利于及时做出决策。
事实上，由于我国的行政管理体制讲究上下对应一致，上一级政府设置的部门，如果下级政府不设立，会享受不到来自上级的政策支持。从而，在上下对应的情况下，多部门体制的低效率、高成本问题自上而下普遍存在。部门过多，自然会影响到市场主体的经营效率。具体到微观的企业层次，会感觉到政策文件多，检查评比多，收费环节多，部门盖章多，分散了企业的管理注意力，企业不得不既要面向市场，更要面向政府，增加企业的管理成本，不利于充分发挥市场在资源配置中的基础作用。
显然，相对于多部门体制来说，大部门体制具有明显的优越性。大部门可以将在多部门下发生的部际矛盾变成部内协调，可以减少机构、人员、会议与相关的运转成本，大幅度减少不必要的信息，减少部门之间的文件冲突与政策冲突，在提高部门决策能力的同时增强部门的责任意识。从根本上说，大部门体制有利于规范政府与市场之间的关系，提高政府的办事效率。
深化大部门体制改革的方向
一是制定科学合理的大部门改革方案。在制定大部门改革方案时，应该以缩小部委数量、精简部委人员、增强大部门职能，协调部门关系为目标，坚持改革的科学性，在改革中体现中央政府部门有保留有合并的原则：
(1)保留反映国家基本职能、在各国政府机构中普遍存在的部委。如外交部、国防部、财政部、人民银行等，这些部委的基本职能是其他部门所不能代替的，应该予以保留。
(2)缩小国家规划部门的职能，强化对市场服务和监管部门的职能。
(3)对国家基本职能以外的其他部委尽可能进行合并。按照发展规划、市场监管、公共服务、社会福利等特性，对其余部门进行归类排列，将特性相同、职能接近的部委进行合并，按照主要方向组建新的部委。像民航、铁路、交通、航运等部门都与交通运输相关，可以在以上部委的基础上组建交通运输部。合并国土资源部、水利部、环保总局、海洋局等机构成立资源与环境保护部。在西方国家，不乏将资源与环境整合在一起的部委。比如，意大利政府就设立环境、国土与海洋部，统管国土资源开发与环境保护。从理论上说，资源与环境存在相关关系，许多环境问题是因为资源加工利用不充分造成的，解决环境问题应与资源加工联系起来，可再生资源利用在增加能源供给的同时也能改善环境。西方一些专业教材就有《资源与环境经济学》，也说明资源开发与环境保护存在很强的相关性。
(4)撤消一些关联不大或者政府管理职能不突出、专业化过强而综合性与社会服务性不足的部委。比如，一些部委本来带有行业管理的职能，但其为全民提供公共服务的职能不明显，而为特殊利益群体服务的倾向很突出，充分显示这些部门作为政府的服务职能有限，作为国家机构参与宏观调控的意义也不大。按照政府机构设立的一般规则，对此类政府部门应该予以撤裁。此前议论较多的能源部也带有较强的专门服务性。从以往部委设立的经验看，能源部设立的必要性不大，其协调电力与煤炭、石油等产业发展的职能可以由产业发展部门行使，其相互之间市场关系协调的职能可以由商务部门行使。而且，由于能源部门中行业垄断特性明显，设立专门的能源部后如果缺乏有效的监管与制衡，容易强化其为特殊企业服务的功能，损害公众的利益。因而，在设立能源部的问题上应该慎之又慎。
(5)对部委合并进行细致的功能分析。政府部门的撤消与合并，不能只是归大堆。不仅要着眼于部委一级关联关系的研究，还应该下探一级，研究司局原有的基本职能和在新部委架构下的作用。要通过改革，使合并以后组建的新部委的管理职能更加明确、范围更加清晰、设置更加合理、效率更加明显。
(6)一些政府部门的名称需要适应现代政府管理体制的要求加以更改。比如，现有的公安部并不能囊括公共安全的范围，而且容易与安全部发生名称和概念的混淆。建议将公安部更名为国家警察总署(地方相应更名为警察局)，安全部更名为国家安全与情报部。
二是积极组织实施中央政府大部门体制改革。在大部门体制改革总体规划方案出台以后，应该听取各方意见，在完善方案的基础上组织实施。在大部门改革中，应该将有能力有管理水平的干部留下来，形成部委内人才竞争与优胜劣汰机制，把促进政府部门内部工作人员之间的竞争作为整个改革的组成部分；强化人员分流，鼓励人员自动转岗和人才培训后重新上岗，将部分人员可以分流到各类国有公司和相关附属机构；加强资产管理，在政府改革中加强清产核资工作，防止国有资产流失，加强档案与政府文件的管理；继续保持政策的稳定性，地方政府应继续执行中央政府制定的各项政策。
三是自上而下地推动地方政府大部门体制改革。地方政府的改革可以借鉴中央政府的改革模式，实行上下一致的体制改革模式，缩小地方政府行政机构的规模，建立大厅大局式的管理结构，便于与中央政府进行上下沟通，贯彻中央政府的各类政策。当然，我国各省市情况差异较大，各地的政府机构可以与中央政府有些差异，不必强求完全一律。比如，海南省海洋面积辽阔，海洋经济在全省经济中占据重要地位，其事关海洋的厅局就可以单设。
四是健全相关法律。在中央政府的改革方案推出以后，应该着手制定相关法律，比如应该制定《中央政府组织法》或者《国务院组织法》，规定各个政府部门的基本职能，依法改革政府，依法管理政府。
大部门的改革是政府改革的一个重要组成部分，也是由传统体制下的政府向现代市场经济体制下的政府转型的重要环节。但是，并非通过大部门体制改革，政府改革就彻底完成。应该说，大部门改革只是在结构上完成了对政府功能的精简，但是要形成符合现代市场经济要求的政府管理模式，还需要在机制上加强政府运转的透明度、完善对政府的分权与监督，加强对权力运用的制衡。只有这样，我们才能完整地建立起与现代市场经济体制相匹配的现代政府管理体制与机制，切实提高政府管理水平。
大部门体制改革设想
1.保留部委：外交部、国防部、教育部、财政部(含国税局)、审计署、监察部、司法部。
2.全盘保留但名称更替的部委：公安部改成国家警察总署、安全部改成国家安全与情报部。
3.合并部委：
(1)发展规划与援助部(以国家发改委为基础，并入民政部、国家民委大部分、扶贫办等及国土资源部规划司、建设部规划司等)。体现大规划、大援助性质，将发展规划与区域援助结合起来。面向中长期发展规划，推动地区之间的协调发展。不再承担发改委以前负责的经济运行、价格管理和重点建设等职能。
(2)产业部(新设立，将农业部、信息产业部、国防科工委、国家粮食储备局、国家旅游局、商务部的商业司局、现发改委能源局、国家中医药管理局的产业发展职能、发改委的重点建设司并入)。相当于日本的通产省，构造产业发展的宏观管理职能，负责产业政策制定与实施。未来可以考虑在产业部设立农业、能源、制造业、军工工业、服务业、重点建设项目等少数几个管理部门，将信息产业、旅游、中医药、商业等能够由市场发挥作用的职能以行业协会的形式分流出去。
(3)商务部(以商务部为基础，并入国家工商总局、质量技术监督局、安监局、食品药品监管局、国家烟草专卖局、国家中医药管理局的标准与质量监管职能、建设部的建筑质量监管职能，发改委的经济运行与价格管理职能)。主要负责市场监管和市场竞争秩序的维护，协调内外贸关系，制定和实施国家贸易政策。未来可将烟草专卖部门以协会的形式分流出来。
(4)劳动与社会福利部(以劳动与社会保障部为基础，并入人事部、国家外国专家局等，并在其中设立住房建设保障司)。由于组织部管理党内干部提拔任命，统战部负责党外干部与人事任命，今后各级政府负责人提拔任免干部的职能将会增强，传统体制下建立起来的人事部的职能与作用逐步淡化，其在管理人才市场等方面的职能又与劳动部重叠，按照职能的相近性，有必要将劳动部与人事部合并。
(5)金融部(以中国人民银行为基础，并入国家外汇管理局、证监会、银监会、保监会等)。构建大金融发展与监管框架，负责国家金融政策的制定与实施。
(6)科技部(以科技部为基础，将国防科工委的技术研究职能、国家发改委高新技术管理职能并入)。统一制定与实施国家的科技政策，促进科技发展与政策制定中的军民结合。
(7)资源与环境保护部(以国家环保总局为基础，并入国土资源部大部分职能、发改委中的资源环境司、水利部、林业局、人口与计划生育委员会、地震局、气象局、海洋局、测绘局)。涵盖资源开发利用与环境保护职能。这里，将资源开发与环境保护职能划在一起，主要是强调资源开发与环境保护之间具有明显的相关性，资源开发利用不当，会产生环境问题。多年来的兴修水利，使水利部的水利建设功能得到充分体现，水利建设的缺口明显缩小，今后重大水利工程可以归口于产业部的重点建设管理职能中。水利部以往承担的水土保持与水污染的治理，带有典型的环境保护职能，并与国家环保总局和国家林业局存在一定的职能交叉。
(8)交通运输部(保留交通部，并入铁道部、民航总局、国家邮政总局)。构建大的交通、运输、物流行政管理部门，负责交通运输政策制定与实施。
(9)卫生保健部(保留卫生部，并入国家中医药管理局的医疗机构管理职能、国家体育总局)。负责制定与实施医疗卫生和全民健身等方面的政策制定与实施。
(10)文化部(保留文化部，并入新闻出版署、新华社、广播电影电视总局、国家文物局、国家宗教事务局、国家民委中的少数民族文化管理职能)。体现大文化管理职能，制定与实施国家文化政策。