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PP折叠水滤芯的灭菌工作对于维护非常重要，可是在线蒸汽灭菌有可能损坏滤芯，所以，在灭菌操作时候必须严格遵守一套操作规范，以减少高温灭菌蒸汽对PP折叠水滤芯产生的损坏。
检测和灭菌PP折叠滤芯操作方法：
检测蒸汽供给和压缩气体的压力，把他们设置在待定值上，此时压力值应设置在1.5bar到2bar之间。
打开阀门a和阀门b，净化蒸汽管路直到完全清除其中的冷凝水。
开启阀门c、d，直到完全排出冷凝水。
慢慢打开阀门c，增加蒸汽的流入，以此等待3到4分钟进一步加热PP折叠水滤芯。
部分关闭排气阀阀门b、d、f，让含有水滴的蒸汽连续排出。
分别打开阀门i和j建立稳定的蒸汽流动，允许冷凝物质和过滤器中的空气排出。此时要注意压力表p1和p2，过滤时保持△p(p1-p2)小于350mbar。
确保所有空气和冷凝物通过阀门b、d、f和阀门j有效排出，这个过程中可以看到有一束蒸汽和水滴连续流出。
蒸汽在pp折叠滤芯标准里顺流的温度经测定达到121.1℃，并且保证温度低于128℃，计时器运转，灭菌时间设定在30分钟以上，期间的压力值和温度值都要相详细记录。
完成灭菌后关闭蒸汽供给通道，打开阀门f通入压缩空气。
蒸汽完全排除后，关闭阀门b、d，增加过滤器的气体量，维持气体流动使整个系统变冷直到压力温度表显示30℃左右。